南昌医学院保卫处是学校安全管理、维护学校稳定秩序的职能部门。以“服务师生需求、构建平安校园、保障一流建设”为工作目标，秉持“以人为本、预防为主、规范管理、系统治理”的基本原则，面向全体师生，开展安全管理、安全教育和安全服务。具体负责治安、交通、消防、校园秩序、暂住人口管理、集体户口、安全宣传教育、信息调研等日常管理工作，建设维护安全技术防范系统，履行对校内单位安全管理工作的指导、检查、协调、服务职能，落实安全管理法规，完善校内安全管理制度，协助、配合政府有关部门开展工作，积极营造平安和谐的校园育人环境，为学校高质量发展保驾护航。

 南昌医学院武装部是学校开展国防教育和国防动员的军事工作部门。主要职能是在学校党委和上级军事机关领导下，按照国家有关军民融合、国防教育、国防动员等方面的法律法规，贯彻落实教育部和江西省国防教育、人武部门的工作部署，面向全校师生开展国防（总体国家安全观）教育和国防动员等工作。同时对口联系军队相关部门，促进学校军民共建、军民融合。